A partir del mes de Agosto de 2007 la Universidad Juárez del Estado de Durango cuenta con el Doctorado Institucional en Ciencias Agropecuarias y Forestales, cuyo objetivo es Formar Investigadores con enfoque integral, altamente habilitados para generar y aplicar el conocimiento en forma original e innovadora, en la solución de la problemática agrícola, pecuaria, forestal y ambiental, para contribuir al desarrollo sustentable del país y la región.

Este Programa Doctoral lo respaldan cuatro Unidades Académicas de la UJED que son: Facultad de Medicina Veterinaria y Zootecnia (FMVZ), Facultad de Ciencias Forestales (FCF), Facultad de Agricultura y Zootecnia (FAZ) e Instituto de Silvicultura e Industria de la Madera (ISIMA), lo que significa que es impartido por Profesores de estas cuatro Unidades y se aprovecha la infraestructura física (salones, talleres, laboratorios, áreas experimentales) de las mismas.